A més de la formació que s'ofereix des de la Fundació d'Estudis Superiors d'Olot, des dels seus inicis ha estat compromesa amb diversos projectes de recerca.
Treballant sempre per esdevenir una plataforma per què diversos investigadors puguin portar a terme els seus projectes, la FES ha donat suport a molts treballs, la majoria d'ells relacionats amb la nostra comarca.

Àrea de Medi Ambient, Territori i Paisatge:

- Projecte de seguiment sobre l'efecte de l'evolució natural de l'hàbitat de Polygala vayredae Costa (endemisme de la Garrotxa) cap a ambients més tancats de boscos planifolis (2009)
- Caracterització de la dinàmica eruptiva del volcà Croscat (2007)
- Cartografia 1:5.000 i tipificació dels rodals i bosquets de rouredes humides de roure pènol - Isopyro-Quercotum roboris (2007)
- Pla de recuperació del cranc de riu a les conques del Fluvià, el Ter i la Muga (2006)
- Diagnosi de les plantes amenaçades de la comarca de la Garrotxa (2005)
- Programa de conservació i millora dels rapinyaires diürns de la Garrotxa (2004-2005)
- Catàleg i seguiment dels boscos madurs de la comarca de la Garrotxa (2004-2005

Àrea de Turisme Rural:

- Estudi sobre el sector turístic i les seves necessitats formatives en els municipis riberencs del riu Ter (2006)
- Estudi de les possibilitats turístiques de l'Alta Garrotxa vinculades a l'excursionisme i al turisme científic (2002)